Están acusado de delitos de estrago culposo agravado, incumplimiento de los deberes de funcionario público y omisión de deberes de oficio. Podrían afrontar una pena de un mes a cinco años y ser embargados por $2,5 y $3,5 millones.

 Uno de los procesados es Luis Enrique López Mazzeo, ex titular del Comando de Adiestramiento y Alistamiento de la Armada (COAA). Se lo embargó por $3,5 millones.

Claudio Javier Villamide, ex comandante de la Fuerza de Submarinos (COFS) y Autoridad de Control Operativo de las Unidades Submarinas de la Armada, es otro de los procesados que como autoridad de control y "omitió las diligencias necesarias y propias del cargo que ostentaba  

Luis Enrique Malchiodi, otro de los imputados, era ex Jefe de Mantenimiento y Arsenales de la Armada y se le cuestionó los incumplimientos en la administración de los repuestos correspondientes a las unidades navales. Se lo embargó por 3,5 millones de pesos.

Hector Anibal Alonso, ex jefe del Estado Mayor del Comando de la Fuerza de Submarinos y como Oficial Evaluador del Alistamiento (O.E.A), debía asistir al Comandante de la fuerza de submarinos, en el alistamiento de las unidades y en la evaluación de los niveles alcanzados por las unidades submarinas. Se le trabó un embargo de $2,5 millones.

Hugo Miguel Correa, ex jefe del Departamento de Operaciones, Jefe de División Operaciones, Jefe de Cargo de Navegación, Jefe del Cargo de Comunicaciones y Jefe de CENCOMSUB, del Comando de la Fuerza de Submarinos, debía dirigir las comunicaciones del comandante de la fuerza de submarinos a través de la central de comunicaciones. 

Jorge Andres Sulia, último procesado, fue embargado por $2 millones. En su condición de Jefe del Departamento de Logística y Jefe de la Sección Mantenimiento del Comando de la Fuerza de Submarinos, omitió, para la Jueza, las diligencias propias de los cargos que desempeñaba.

El ARA San Juan naufragó el 15 de noviembre de 2017 en el Atlántico Sur, mientras efectuaba una patrulla de control marítimo. Un año después, el Estado contrató a la empresa Ocean Infity que lo encontró en las profundidades (más de 900 metros) de un área próxima al Golfo San Jorge, cerca de donde se tuvo el último registro de comunicaciones con el submarino.